由于无法预测将基因转入一个新的遗传背景中会产生什么样的作用,转基因作物及其产品的安全性问题一直是广泛争论的焦点。早在联合国于1992年公布的《生物多样性公约》条款中，就已明确提出转基因作物的潜在生态风险，要求制定或采取办法酌情管制、管理或控制由生物技术改变的活生物（LMO或GMO）在使用和释放时可能产生的危险，既可能对环境产生不利影响，从而影响到生物多样性的保护和持续利用，也要考虑到对人类健康的危险。最近，发生在国内的亨氏米粉风波、转基因水稻是否能走上餐桌等问题，再次引发舆论对转基因食品新一轮热烈讨论。 

　　转基因作物的现状 

　　1983年，世界第一例转基因植物——转基因烟草诞生,此后转基因技术广泛应用于农业领域方面的研究。1996年，转基因作物开始实现商品化种植且发展迅猛，全世界每年的种植面积均以两位数的百分比增长，据2005年农业生物技术应用国际服务组织（ISAAA）发布的年度报告，全球生物技术作物种植面积从已从当初的6国170万公顷，增加到2005年的21国9000万公顷，其中美国、阿根廷、加拿大及巴西4国的转基因作物的种植面积占全球的90%以上。仅4种主要的转基因作物（转基因大豆、玉米、棉花和油菜）的总市值就已攀升至52.5亿美元，预计今年将突破55亿美元。 

　　在我国批准商业化种植的转基因植物只有棉花、野天牛花、番茄、甜椒，其中棉花规模最大，占全国棉花种植面积的60％以上，而后两种已经没有推广价值且许可证已经失效。此外，我国进口的转基因作物主要有大豆、玉米和油菜籽，据统计，去年仅大豆就进口了1500万吨，与我国自产的非转基因大豆数量相当，主要用做加工原料，生产豆油、豆腐、豆奶等制品，其中，转基因大豆色拉油的比例可能高达80%以上。 

　　转基因作物的生态安全性 

　　转基因作物的生态安全性问题，涉及转基因作物释放到田间去，是否会将基因转移到野生植物中,是否会造成原有的生态平衡破坏,改变物种间的竞争关系和生物多样性等。转基因作物所引起的生态安全性问题，已有部分在实验室水平得以证实或发生了实例： 

　　转基因作物本身可能演变为农田杂草　 

　　由于导入新的外源基因，转基因作物获得或增强了生存竞争和繁殖能力，使其在生长势、越冬性、耐受性、种子产量等方面，都强于亲本或野生种。若被推广种植,这些转基因作物释放到自然环境中的机会特别大,因其又具有野生植物没有的各种抗性,将会迅速地成为新的优势种群,进而可能演变成农田杂草。例如，加拿大商业化种植具有抗除草剂及自播种特性的转基因油菜，仅几年后,其农田便发现了对多种除草剂（包括草甘膦、固杀草和保幼酮等）具有耐抗性的杂草化油菜植株。据专家预言，这种杂草化的转基因油菜，将成为加拿大草原地区危害最为严重的野草。 

　　通过基因漂流影响其他物种　 

　　在自然条件下,栽培作物种内，栽培作物与其近缘野生种间,栽培作物和杂草之间都有可能发生基因漂流。例如，引起广泛关注的墨西哥玉米污染事件，即在墨西哥偏远山区的野生玉米受到了转基因玉米DNA片断的污染，且污染比率高达35％。 

　　转基因作物中的一些抗除草剂、杀虫剂和病毒的抗性基因就有可能通过花粉杂交等途径向其同种或近缘野生种转移,使其获得转基因生物体的抗逆特性，对其他作物构成严重威胁的“超级杂草”。而自然界生物间的协同进化或生物与非生物抑制因子间的对抗最终会出现适应或淘汰的结果。转基因抗虫作物的长期、大规模种植可能使目标害虫或非目标害虫对毒素蛋白的适应在群体水平上产生抗性，有可能产生侵染力、致病力更强的“超级害虫”，造成更大的危害。研究表明，转Bt基因抗虫棉对第一、第二代棉铃虫有很好的抵抗作用，但第三代、第四代棉铃虫已对该转基因棉产生了抗性。